Anehnya ketika kapal itu diputar dan diarahkan ke Gresik ternyata kapal itu dapat maju dengan pesatnya.
Setelah sampai di Gresik sang Nahkoda segera menghadap ke pemilik kapal seorang janda kaya, Nyai Ageng Pinatih.
"Peti inilah yang menyebabkan kami kembali dalam waktu secepat ini kami tidak dapat meneruskan pelayaran ke Pulau Bali," ujar sang Nahkoda.
"Bayi? Bayi siapa ini," tanya Nyai Ageng Pinatih yang penasaran sembari mengangkat bayi itu dari dalam peti.
"Kami menemukannya di tengah Samudera Selat Bali," jawab sang nahkoda itu.
Kemudian bayi itu diserahkan kepada Nyai Ageng Pinatih untuk diambil sebagai anak angkat, karena sudah lama Ia menginginkan sang anak.
Lantaran bayi itu ditemukan di tengah Samudera Nyai Ageng Pinatih memberinya nama Joko Samudro.
Jadi, Sunan Giri adalah keturunan raja yang diasingkan. Namun peti kayu yang berisi Sunan Giri tersebut ditemukan oleh Nahkoda beserta awak kapal layar.
Setelah dewasa, Sunan Giri belajar agama Islam di Ampel Denta dibawah naungan Sunan Ampel bersama Maulana Makdum Ibrahim atau Sunan Bonang yang merupakan putra dari Sunan Ampel.