- Pondok Pesantren Darul Ulum
Pondok Pesantren Darul Ulum terletak di Rejoso, Peterongan, Jombang, Jawa Timur. Pondok ini termasuk pondok terbesar dan terpopuler di Jombang.
Pondok Pesantren Darul Ulum menerapkan sistem pendidikan modern. Pondok ini bahkan memiliki 16 sekolah formal, mulai dari Madrasah Ibtidaiyah (MI) sampai Universitas, bahkan ada juga Sekolah Luar Biasa. Juga terdapat 7 sekolah non formal, dan 3 praktikum kemasyarakatan.
- Pondok Pesantren Bahrul Ulum
Pondok Pesantren Bahrul Ulum Tambakberas Jombang merupakan salah satu pondok pesantren tertua dan terbesar di Jawa Timur.
terletak di Jalan Kyai Haji Wahab Hasbullah, Tambak Rejo, Kec. Jombang, Kabupaten Jombang, Jawa Timur. Pesantren ini. Pondok pesantren ini mengedepankan pendidikan formal dengan tetap mempertahankan nilai-nilai kepesantrenan.
Pondok Pesantren Bahrul Ulum bahkan menjalin kerjasama dalam bidang pendidikan dengan perguruan tinggi dalam dan luar negeri, seperti Makkah, Syiria, dan Al-Azhar Kairo.
- Pondok Pesantren Mambaul Ma'arif
Pondok pesantren ini didirikan oleh KH Bisri Syansuri pada tahun 1917. Berlokasi di Jalan KH. Bisri Syansuri, Denanyar Selatan, Denanyar, Jombang, Jawa Timur. Pesantren ini memiliki jenjang pendidikan formal mulai dari Madrasah Ibtidaiyah hingga Madrasah Aliyah. Selain itu juga terdapat program Taman Pendidikan Al Qur’an (TPQ), Madrasah Diniyah serta lembaga Bahasa Arab dan Inggris (LBAI).