- Pondok Pesantren Langitan
Pondok Pesantren Langitan terletak di Jalan Langitan, Slawe, Widang, Tuban, Kabupaten Tuban, Jawa Timur. Termasuk pesantren tertua, berdiri sejak tahun 1852 M oleh KH. Muhammad Nur.
Banyak tokoh-tokoh besar maupun pengasuh pondok pesantren yang dulunya belajar di pondok ini, seperti KH. Kholil Bangkalan, KH. Hasyim Asy’ary, KH. Syamsul Arifin (ayahanda KH. As’ad Syamsul Arifin) dan lainnya. Itulah mengapa pondok pesantren ini masuk dalam list deretan pondok pesantren terbaik dan terpopuler.
Pondok Pesantren Langitan memiliki metode pendidikan dan pengajaran dalam sistem klasikal (pendidikan formal) dan non klasikal (bandongan dan sorogan).
- Darul Ulum
Pondok Pesantren Darul Ulum terletak di Rejoso, Peterongan, Jombang, Jawa Timur. Pondok ini termasuk pondok terbesar dan terpopuler di Jombang.
Pondok Pesantren Darul Ulum memiliki 16 sekolah formal, mulai dari Madrasah Ibtidaiyah (MI) sampai Universitas, bahkan ada juga Sekolah Luar Biasa. Ada 7 sekolah non formal, dan 3 praktikum kemasyarakatan.
- Tebu Ireng
Siapa sih yang tidak mengenal Pondok Pesantren Tebu Ireng? Tebu Ireng ini terkenal kepopulerannya karena didirikan oleh KH. Hasyim Asy'ari, pendiri Nahdlatul Ulama (NU), tepatnya pada tahun 1899 M.
Pondok Pesantren Tebu Ireng terletak di Jalan Irian Jaya No.10, Cukir, Kecamatan Diwek, Kabupaten Jombang, Jawa Timur.
Saat ini Tebu Ireng memiliki 12 unit pendidikan, mulai dari SD hingga Universitas. Selain itu terdapat 10 pesantren cabang Tebu Ireng yang tersebar di wilayah Indonesia.