Pada dasarnya Pondok Pesantren Pandanaran adalah pesantren salaf yang fokus pada tahfidz al-Qur’an. Namun saat ini, Pondok Pesantren Pandanaran juga memiliki pendidikan berbasis formal mulai dari Raudhatul Athfal (RA) hingga Sekolah Tinggi Agama Islam (STAI).
Dengan demikian, Pondok Pesantren Pandanaran berhasil menjadi pesantren terbaik dan terfavorit yang selalu menjadi incaran para calon santri.
- Pondok Pesantren Al-Imdad
Pondok Pesantren Al-Imdad merupakan pesantren salafi yang didirikan oleh KH. Humam Bajuri pada tahun 1980. Pondok pesantren ini terletak di Dusun Kauman Wijirejo, Pandak, Bantul, Yogyakarta.
Pondok Pesantren Al-Imdad menjadi pondok pesantren terbaik dan terfavorit karena memiliki banyak program pendidikan yang ditawarkan. Diantaranya yaitu, tahfidz al-Qur’an, TPQ, Madrasah Diniyah, Madrasah Tsanawiyah dan Madrasah Aliyah, Ma’had Aly, pembelajaran kitab kuning, Majlis Ta’lim, dan Majlis Mujahadah.
- Pondok Pesantren Wahid Hasyim
Pondok Pesantren Wahid Hasyim terletak di Jalan Wahid Hasyim, Kecamatan Depok, Kota Yogyakarta. Pondok ini didirikan oleh KH. Abdul Hadi As-Syafi’I pada tahun 1977.
Pondok Pesantren Wahid Hasyim ini merupakan pesantren berbasis modern dengan basis penanaman akhlaqul karimah, program tahfidz, pengembangan bahasa asing (Arab dan Inggris), dan pengembangan keterampilan penguasaan kitab kuning.